有機肥的生產過程主要包括原料預處理、一次發酵和后處理三個階段。

原料預處理階段主要是將原料運到堆場后，經磅秤稱量后，送到混合攪拌裝置，不能和廠內生產、生活有機廢水混合，必須用清水。然后加入有機生物發酵復合菌（每噸原料加1-2kg），并按原料成分（雞糞：木薯渣或菇渣：秸稈=6：2：2）粗調堆有機肥料水分60%-65%、碳氮比為20-30，混合后進入下一工序。

配料時須先將紅糖用水溶化，再加入有機肥發酵生物菌充分攪勻，然后將稀釋液均勻潑灑在原材料上，并用攪拌機充分翻攪均勻。一次發酵階段主要是將混合好后的原料用裝載機送入一次發酵車間，堆成發酵堆，同時2天左右進行翻堆，并補充水分和養分，控制發酵溫度在50℃～65℃（用手摸燙手），進行有氧發酵，本工程一次發酵周期為8天，每天進一池原料出一池半成品，發酵好的半成品出料后，準備進入下一工序。后處理階段主要是將發酵好的半成品經過篩分、干燥、包裝等工序，制成有機肥產品。