有機肥腐熟度指有機物經過礦化、腐殖化過程后達到穩定化的程度。經完全腐熟的有機肥，在田間施用后對環境和作物不會產生有害影響；腐熟程度不夠的有機肥若直接施到土壤中，還可能通過微生物降解產生一些中間產物，如一些低分子有機酸（丁酸、戊酸等）和NH4+（銨離子），對農作物特別是幼苗的正常生長發育產生不利影響。因此，腐熟度是評價成品有機肥質量的重要方面，其評價已引起廣泛關注。
國內外學者在有機肥腐熟度評價方面開展了大量研究，實際應用中由于涉及有機肥原料、有機肥發酵條件、有機肥發酵工藝和有機肥成品要求等多方面因素，使得腐熟度評價也變得較為復雜，通常評價有機肥腐熟度包括物理、化學等指標。

從物理角度看有機肥

物理學指標包括溫度、氣味和顏色等，并隨有機堆肥過程一直在變化著，由于比較直觀，常作為有機肥腐熟度的評價指標

1、溫度：我國的糞便無害化高溫有機肥衛生標準為最高堆溫達50℃以上，并持續5~7d（天）

2、顏色、氣味及粒度：從顏色變化看，有機肥腐熟過程中堆料顏色會逐漸變深，最終呈灰黑褐色或淺灰色，從氣味變化看，通常有機肥原料具有令人不快的氣味，在運行良好的有機肥體系中，這種氣味逐漸減弱并逐漸消失，不再吸引蚊蠅，也不會再有令人討厭的臭味，有機肥出現白色或灰白色，呈現疏松的團粒結構，顆粒直徑小于1.3cm。

從化學角度看有機肥

化學指標即堆肥過程中堆料的化學成分或性質的變化，采用這類指標來評價有機肥的腐熟度，也是一種比較常用的簡單易行的方法

1、pH值：一般情況下，有機肥原料或發酵初期pH為弱酸性至中性，通常為6.5~7.5，腐熟的有機肥一般呈弱堿性，pH值在8~9左右，但pH值受有機肥原料的影響較大，只能作為評價有機肥腐熟度的一個必要條件，而不是充分條件。

2、有機質的變化：在有機肥腐熟過程中，堆料中的不穩定有機物分解轉化為二氧化碳、水礦物質和穩定化腐殖質，堆料的有機質含量變化顯著。反映有機質變化的參數有水溶性有機質（酸）、化學耗氧量（COD)、生化需氧量（BOD)、揮發性固體（VS)、淀粉和水溶性糖類（SC)、二氧化碳（CO2)的釋放量。這些評價指標與有機肥腐熟時間有很顯著的相關性，是指示有機肥腐熟程度的合適參數。盡管水溶性有機質也受原料性質的影響，但在后期，其值一般會穩定在一定水平之下，可用來判定有機肥的腐熟穩定程度。

3、氮成分變化：堆肥化過程中含氮有機物發生降解：一部分轉化為氨氣，一部分被微生物同化吸收，另一部分則由微生物氧化為亞硝酸鹽或硝酸鹽。

4、與腐殖化程度相關的參數：CEC(陽離子交換容量)和腐殖化參數。

5、C/N的變化碳源是微生物利用的能源，氮源是微生物的營養物質。堆肥過程中有機物經過礦化、腐殖化過程，碳轉化成二氧化碳和腐殖質物質，而氮則以氨氣的形式散失，或變為硝酸鹽和亞硝酸鹽或被微生物體同化吸收。因此，碳和氮的變化是堆肥的基本特征之一。這些指標主要包括最常用于評價腐熟度參數的固相C/N、水溶性成分(主要的參數有水溶性碳、水溶性碳與水溶性氮的比值WSC/WSN、水溶性碳與總氮量的比值WSC/TN、水溶性碳與有機態氮的比值WSC/N-org)。與固相C/N相比，水溶性C/N在評價堆肥腐熟程度上更為有效，也更少受原材料的影響。

從生物學看有機肥

1、呼吸作用：對于好氧堆肥來說，微生物耗氧率的變化反映了堆肥過程微生物活性的變化，也反映了堆肥過程有機物的變化。

2、微生物活性變化參數：反映微生物活性變化的參數有酶活和微生物量。

3、植物毒性反應試驗：未腐熟的堆肥含有植物毒性物質,對種子萌發、植物生長產生抑制作用；腐熟堆肥植物毒性物質減少或基本消失，并出現促進種子萌發和植物生長的物質。

4、有害病原菌：污泥、城市垃圾和畜禽糞便中含有大量致病細菌、霉菌和寄生蟲等有害病原菌，直接影響到堆肥的安全性。沙門菌、腸道鏈球菌等常用作監測堆肥安全性的指標。但這些致病微生物對溫度非常敏感，當堆肥的溫度高于55℃，并保持4天以上時，可殺死大多數病原菌。

5、雜草種子與植物繁殖體的存活率物料經堆肥后，其中所含的雜草種子或植物繁殖體應當被滅活，有活性的種子或植物繁殖體應不存在。