菌肥包括兩個主要部分：一是菌，二是肥料營養素，前者是重點，后者是輔助。

菌是指復合的有益菌。優質的菌肥產品，有益菌占總菌的比例高，有害菌及寄生蟲（卵）含量少或沒有。而且，其有益菌的活力強，使用后，可快速在土壤中、植物根部周圍形成優勢菌群。

肥料營養素：是指肥料中的有機質、氮磷鉀含量等指標。這與使用的原料、發酵程序及工藝等密切相關，高低有時差異很大。

一般菌肥不要求營養素指標，而主要強調菌的功效。

搞清楚這個問題，我們接著往下說。

其次，弄清楚微生物菌肥忌諱什么。

1、忌陽光直射。大家都知道，陽光是一種天然的“消毒劑”，具有良好的殺菌效果。因此，強烈的陽光直射，對菌肥中的有益菌同樣具有殺滅作用。

所以，也就知道了：菌肥適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。 應在陽光不那么強烈的時候施用；為了避免陽光直射，施用后，應覆土。

2、忌殺菌劑。既然我們要利用菌肥中的有益菌，就不能殺滅它們。殺菌劑是“好”、“壞”菌通殺，所以，兩者不可同時使用。

由此，我們又知道：菌肥不可以與殺菌劑等化學制劑同時使用。一般使用菌肥前三天、一周內，都不要使用殺菌劑。否則，施用的菌肥就消失了一半或者主要的功效。

另外，不能用拌過殺菌劑的容器裝微生物肥料。

3、忌化學農藥。幾乎所有化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。

4、忌水淹干旱。微生物的生存，需要一定的濕度。一般適宜的濕度為40%～70%，最適宜濕度為50%～60%。不宜過低，也不宜過高。

干旱，低濕度將大大抑制微生物的繁殖速率；濕度大于60%后，大部分好氧微生物將因缺氧而活性降低，而土壤中發揮作用的有益菌大多為好氧菌。

5、忌期望值過高。由于生產廠商的不正確宣導，使很多從事種植業的朋友產生誤解，認為微生物菌肥可以解決所有肥料問題。實際上上不是如此。

微生物菌劑的功能是有使用條件、有針對性的。例如，固氮菌只能用于具固氮能力的豆科、牧草等作物，且不同作物所適用的菌種不一樣；磷細菌、硅酸鹽細菌適用緩效態磷、鉀含量豐富的土壤。

另外，微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供礦質營養養分為主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。

6、忌盲目施用。施用微生物肥料時，應注意肥效條件。微生物肥料肥效的發揮既受其自身因素的影響，如肥料中所含有效菌數、活性大小等質量因素；又受到外界其他因子的制約，如土壤水分、有機質、pH值等影響。

另外，生物有機肥料應該集中使用在作物根部，更有利于微生物在作物根系周圍形成有益生態環境，促進作物生長。

因此，微生物肥料從選擇到應用都應注意合理性。

最后，明白菌肥如何使用。

弄清楚微生物有機肥料的施用條件，也就明白，微生物菌肥施用不會只有一次即可，而是應該不斷補充，才能保持有益菌的數量及活性。

根據微生物生理特性，建議15天左右使用一次。這樣，可以保證新的有益微生物得到不斷補充，在土壤中保持持續的有益菌優勢菌群。