可以很明確的說，在目前的實際情況下有機肥是無法代替化肥的。雖然有機肥屬于全營養肥料（包含植物所需的各種營養成分），但其含量都很低，但基本沒法滿足植物生長所需的營養元素，必須以化肥作為補充，所以目前復合的切合實際的路線是化肥和有機肥結合施用。

那么有機肥與化肥有什么區別呢？

首先他們的來源不同：化學肥料是指利用石化原料（天然氣）或天然礦物，經工廠轉換或提煉生產，因化肥為提煉的濃縮品，所以能提給植物應用的有效成分就會相對的比有機肥料多很多。有機肥料是利用動植物而產生出來的廢棄物，經過發酵后所殘留的有機物質。

第二他們對土壤的作用不同：有機肥能夠改善土壤的透氣性；能夠保水保肥；能夠調節土壤的溫度；能夠改良土壤的物理性質；化學性質、生物特性，并且使土質變得松軟；也能夠提高農作物的抗逆性；但化學肥料在這些方面就沒有相關的作用。

第三他們的肥效性能不一樣。化肥的成分比較穩定，很容易就被作物吸收利用。如果作物發生養分不足的現象，能快速補充肥效，作物缺肥的現象能夠很快就得到改善，尤其是噴施葉面肥。而有機肥屬于緩效性肥料，在土壤中經過微生物的分解然后才能被作物吸收，所以一般作為基肥施用。分解時會有臭味，并招蚊蠅，在種植前與土壤混合作為基肥，或是植株生長期每2~3個月施用一次，亦可改良土質。

第四他們的含量不一樣：化肥屬于化學合成物，含有精準和較高的肥效；但具有較全的氮磷鉀以及多種微量元素、有機酸和氨基酸，我們稱之為全能肥料，但其各項一樣元素含量較低，在目前的技術條件下不能完全替代化肥。

所以，有機肥和化肥各有優點，尤其是當前化肥綜合利用率不高的情況下，施用有機肥可以有效改善化肥所帶來的鹽堿化和土壤板結等癥狀，提高肥料利用率；而化肥又可以補充有機肥營養元素含量低的弊端，所以二者結合施用是最好的辦法。