耕作層變淺

農田由于長期的機械耕作碾壓和人工作業，使大部分農田土壤耕層變淺，有效活土層在15公分左右，加之降雨、灌水沉實，“犁底層”上移加厚，形成了堅硬深厚的阻隔層。這阻礙了土壤水分、養分和空氣的上下運行，影響作物根系下扎延伸，土壤蓄水能力越來越少，抗旱性能不斷下降。

土壤有機質含量降低，土壤有機質減少會引發一系列土壤問題，土壤酸化和次生鹽堿化，土壤結構破壞，土壤肥力低下，土傳病害加劇等。

土壤結構破壞、板結嚴重

由于土壤缺乏有機肥補充以及不合理的耕作和不合理的灌溉，化肥的大量施用，加劇了土壤團粒結構的破壞，致使土壤板結越來越嚴重，直接影響到土壤的自然活力和自我調節能力。

土壤趨于酸化

土壤酸化主要是由于過量使用化學氮肥和生理酸性肥料，導致土壤中酸性物質增加，使土壤酸化。土壤酸化會引起土壤養分流失，土壤有害重金屬活化，土壤有害微生物特別是寄生真菌增加，加速土壤貧瘠化和土傳病害發生。

土壤次生鹽堿化

由于長期過量使用化學肥料，使土壤中的鹽分不斷積累，硝酸鹽積累更甚，形成土壤表層次生鹽堿化。輕則影響種子發芽出苗，阻礙養分吸收，作物生長不良，重則造成生理干旱，營養吸收障礙，土壤結構破壞，再甚者可導致鹽害、死亡。

土壤氮磷鉀元素營養比例失調，中、微量元素嚴重缺乏。日常管理中絕大多數農民不按比例施肥，往往只大量施氮磷肥，致鉀素匱乏，長期不施中微量元素肥料，造成土壤中微量元素耗竭，土壤中大量氮磷鉀比例失調，大量元素與中微量元素之間的營養比例失調。