微生物菌劑和生物有機肥的區別主要是各自的作用不同帶來農作物種植產量、質量以及產品市場價格的差異。

生物菌肥的作用主要有固氮、分解土壤有機物、分解土壤中難溶性礦物、促進作物對土壤養分、抗病及刺激作物生長等。

生物有機肥是經無害化處理、腐熟的有機物料主要以各類農作物秸稈及畜禽糞便等復合而成的兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。主要有調、激、松、透、保、增等六大功能，即能夠調理土壤、激活土壤中微生物活躍率、克服土壤板結、增加土壤空氣通透性。提高土壤肥力，能使作物、蔬菜瓜果等大幅度增產。對提高農產品品質有很大幫助、能使蔬菜瓜果色澤鮮艷、個頭整齊、成熟集中，有助于提高瓜類農產品含糖量和維生素含量，適口性好，正常情況下能夠加快農產品進入市場時間，有助于提高農產品市場價格。

有機肥和菌肥根本區別：

1、價格不一樣，生物菌肥價格明顯高于生物有機肥價格。

2、生物菌肥是通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用，而生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放。

3、生物有機肥是在功能菌生活的環境下產生有機質，適合一般性土壤環境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌有其自身的要求，對有的土壤環境不太適合。

4、微生物菌劑含有氮磷鉀大量元素和部分有機質，主要是添加了微生物活性菌種，有機肥只含有有機質和部分大量元素。