鑒別有機肥的好與壞，最簡單的辦法就是化驗。選擇有機肥就是選擇原料。

按照國家525的標準只要有機質大于45%，氮磷鉀大于5，水分低于30%都是合格產品。有機肥最重要主要的是原料，原料的好與壞直接關系到有機肥的效果。國家檢測有機質就是檢測碳元素，只要能達到525的標準就屬于合格產品。同樣合格產品用到土壤中有好有壞，主要是跟有機肥的原料有關。有的有機肥原料可以很很短的時間內分解，增加土壤有機質。有的原料需要幾年才會分解讓土壤吸收。還有很多原料，重金屬超標，各種超標，對土壤有一定的危害。

一般有機肥在包裝上都會體現用什么原料制作，所以盡量選擇糧食下腳料做的有機肥。當然有機肥的原料有很多，比如蘑菇渣，工業復產的下腳料，糧食下腳料，牛糞，雞糞等糞肥。

有機肥根據有機肥的原料的特殊性，多數有機肥是無法水溶的，可以緩慢釋放養分，改良土壤。在底肥使用可以配合微生物菌肥使用效果比較好。很多特殊的情況下無法挖坑使用。有機肥也可以直接撒在土壤表面，這樣雖然有一定的浪費，但是也可以起到改良土壤的作用。