1、提高肥料利用率

菌肥能分解土壤中被固定的磷、鉀元素，并把它們釋放出來，供作物吸收利用，吸收利用空氣中的氮合成“生態氮肥”。

2、改良土壤

菌肥施入土壤中后，不但補充了大量的有機質，增加了土壤的土里結構，菌肥還能在土壤中快速繁殖并能形成活力強大的益生菌群，從根本上改善了土壤及根系周邊的生態結構，使得多年使用化肥板結的土壤疏松透氣。

3、防治病害

菌肥中有益菌在土壤中快速繁殖，在作物根際土壤微生態系統內形成優勢種群，阻止或抑制其他有害菌的生長繁殖和對作物的危害，在繁殖過程中還會產生枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短桿菌肽等活性物質，這些活性物質對土壤中的致病菌有明顯的抑制作用甚至對部分有害病原菌還有殺滅作用，減少了有害微生物的危害機會。

4、調節植株生長

菌肥在土壤中大量繁殖的同時，還會產生一些代謝產物，這些代謝產物，能刺激作物體內產生大量的赤霉酸、生長素、細胞分裂素等植物生長調節劑，調節作物的生長發育。

5、提高產量，改善品質

菌肥在土壤中能分泌多種酶，這些物質能分解土壤中被國定的磷、鉀、鐵、銅等多種離子并被作物吸收利用，提高了養分利用率，提高作物產量和品質。

菌肥的使用方法

1、育苗使用

在育苗時加入營養土中，不但能促進根系生長，使幼苗更加健壯，還可預防苗期猝倒病、立枯病、根腐病等病害的發生。

2、用于底肥

在作物施底肥時，可把菌肥與有機肥、復合肥等肥料一起使用，不但能提高肥料利用率，還能抑制土壤中的病菌。

3、用于拌種

在作物播種前，現將種子用清水浸種，撈出后，在用菌肥拌種，使種子表面均勻沾滿菌肥后，在陰涼通風處稍陰干即可播種。可防止種子感染病害。

4、噴霧使用

可用菌肥過濾也，直接噴灑作物葉面，其活芽孢利用葉面上的營養和水分在葉片上繁殖，迅速占領整個葉片表面，同時分泌具有殺菌作用的活性物，達到有效排斥、抑制和殺滅病菌的作用。防止病菌感染，預防病害的發生。