一、全面了解生物肥料的基本資料，如生產日期、保質期、使用量、使用方法等。如果不是現買現用，則要按照說明進行貯存，注意避光、通風和干燥，最好具體咨詢專業業務人員。

二、了解生物肥料中微生物的主要作用，適用作物等。如根瘤菌肥料適用于豆科作物，作為結瘤、固氮的接種劑；枯草芽胞桿菌肥料能提高化肥利用率，抑制農作物對硝態氮、重金屬、農藥的吸收，凈化和修復土壤，降低農作物病害發生，促進農作物秸稈和城市垃圾的腐熟利用、保護環境。

三、掌握施用時間和施用技術。可以用“早、近”來概括，即施用時間要趕早，一般作為基肥、種肥和苗肥來施用；施肥時與作物根系的距離要近但不接觸，最好距離7-10厘米。

四、與有機肥同時施用。微生物肥料配合有機肥使用，會顯著提高肥料效果。

五、施肥后立刻覆土，以免被太陽直射，殺死微生物，降低生物肥料的利用率。

六、不宜與殺菌劑、農藥混用，會抑制生物肥料中的微生物生長，甚至殺死微生物，從而影響肥效。