肥料發酵劑的發酵類型主要有兩種，即：好（耗）氧發酵和厭氧發酵，一般來說，在制肥料或基質時，好氧發酵其發酵強度和徹底程度均遠優于厭氧發酵。厭氧發酵是在特定的密閉條件下進行的，如，制作沼氣，或因高度缺氧，一些兼性微生物被迫厭氧發酵（特殊專性厭氧微生物除外）。好氧發酵條件要求相對較寬松，發酵較徹底，在發酵過程中可露天也可室內放置，發酵功能強大，產物外觀內質均優。
不同用途的發酵劑來源不同，組成成份比例及功能也不同，有的是單一功能菌，如只含酵母菌或放線菌，有的是多種復合功能菌，綜合功能較強；有的是簡單自繁自用菌，未經專業化提純復壯，本身身體“不強壯”，有的甚至虛弱，效果不穩定，導致功能大打折扣或基本無效。目前發酵劑尚無行業標準，仍參照國家微生物肥料標準，其有效功能活菌數含量在每克5000萬個以下的屬不合格產品。
辨別的辦法是：
發酵劑用量越大、時間越長越劃不來，有的發酵劑因有效功能活菌數含量較低，添加量較大，添加量為千分之二到千分之五（1-5‰），即發酵一噸成品需要發酵劑3-5公斤，而有的發酵助劑添加量只需0.1-0.3‰，成本費用相差不是一元，而是10倍，幾十甚至上百元！有的發酵時間為7-10天，有的為一個月或更長，耗時越長成本費用越高，損耗鹽堿，因而越不利。
發酵完成后雜菌越少越好，如果雜菌多，相當于養了一群“只管吃米不會下蛋”的雞，白白浪耗營養，增加成本費用。有的條件不太好的非專業廠商生產的發酵菌種或用戶自留的發酵菌種，甚至出現“反客為主”，即，雜菌還遠多于功能菌的可笑現象。
有的發酵劑，包括國外一些產品，不但價格昂貴，其致命的缺陷是操作非常麻煩，一會要加糖、一會又要添醋、一會培養、一會活化，折騰個沒完，用戶活脫脫被當成了科研人員，而且一不留神，極易招致失敗，這種產品只能算半成品，繁鎖的操作導致失敗的可能性很大，使得這類產品只具備科研價值而基本不具備現實推廣價值。不能將本因溶入到合格產品中的一些工序流程剝離出來，讓用戶去操作，既額外增加了工作量，更增加了失敗或不成功的可能性，這種產品是不合格或稱不完全的產品。越是高科技的東西，其操作就越是應該簡單方便，“傻瓜式”操作才好， 簡單才是美，方便惹人愛。
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