微生物菌肥有好多種，大體分為三種，一種是微生物菌肥，一種是微生物菌劑，一種是復合微生物菌肥。現在我們常用到的就是微生物菌肥和微生物菌劑。

微生物菌肥，一般比較低端，是在有機肥的基礎上添加了有益菌做成的微生物菌肥。由于原料限制不能做到全部水溶，正常情況下都是秋天做底肥使用或者春天做底肥使用，效果比較好。在蔬菜產區，種植以前可以配合有機肥，底肥使用效果最好。

微生物菌劑，原料更加高級高端，可以做到全部水溶，可以沖施，也可以葉面噴霧。一般苗期抗病或者冬天最冷的時候，根系吸收不好，也可以沖微生物菌劑，刺激根系生長，保護根系不受病害侵染。

植物在生長過程中，整個生長期都可以用微生物菌肥或者微生物菌劑，但是用在底肥時注意不要傷根。在沖施過程中，主要注意不要和細菌性殺菌劑混合使用，容易造成有益菌死亡。多種肥料混用時，也一定注意肥料的酸堿度問題，酸性和堿性是不允許混用的。